Konsep Pendidikan di PUSAT PENGAJIAN ISLAM SHAKIFA menekankan kepada perkembangan fitrah semulajadi dan potensi kanak-kanak secara menyeluruh, bersepadu dan seimbang berlandaskan kepada Al Quran dan Sunnah Rasulullah s.a.w. Dengan kaedah ini ianya akan dapat mengimbangi perkembangan kanak-kanak baik dari segi intelek, rohani, emosi dan jasmani ke arah kenal dan cinta kepada Allah, kenal dan kasih kepada Rasul-Nya dan berakhlak dengan akhlak yang mulia. Kaedah ini sesuai dengan sepotong hadis Rasulullah yang bermaksud:
"Sesungguhnya setiap anak yang lahir itu dalam keadaan fitrah yang baik, maka kedua ibubapa merekalah yang akan menjadikan anak-anak ini samada Yahudi, Nasrani atau Majusi."